Pejabat ini ditubuhkan pada 1920 dan dikenali sebagai Woksyop JKR Negeri Johor. Ia bertujuan menyelenggara dan membaiki kenderaan, jentera dan loji JKR yang terlibat dalam infrastruktur pembangunan seperti pembinaan jalan raya, pembukaan tanah baru dan penyelenggaraan peralatan mekanikal bekalan air.

Selepas merdeka, aktiviti kuari yang membekalkan batu dan premix bagi membina jalan raya menjadi begitu aktif. Dua buah pusat kuari telah dibuka di Johor iaitu Kuari Lunchu di Masai, untuk menampung bekalan kuari ke bahagian selatan dan Kuari Bukit Mor di Parit Jawa Muar, untuk menampung bekalan ke bahagian utara. Selain kuari, jabatan ini juga mengawasi seluruh loji perbekalan air negeri sebelum dan selepas merdeka. Ketika itu, aktiviti penyenggaraan kenderaan, jentera & loji di woksyop menjadi sangat aktif. Namun, pada 1993, semua pusat perbekalan air negeri telah diswastakan diikuti penswastaan kedua-dua buah kuari pada 1995. Semenjak itu, aktiviti woksyop bagi menyenggara kenderaan, loji dan jentera berat telah mula bergerak perlahan.

Bermula awal 1990’an, aktiviti pembangunan infratruktur negeri mula menjadi aktif. Pembinaan dan pertambahan bangunan baru serta pembesaran pelbagai jabatan kerajaan telah bergerak dengan pesat terutama yang melibatkan bangunan pelajaran, kesihatan, penerangan dan sebagainya. Skop kerja perkhidmatan bangunan mula mengambil aih peranan utama dalam mencorakkan aktiviti teras JKR. Penggunaan pelbagai sistem peralatan mekanikal seperti lif, penyaman udara, pencegah kebakaran, pam penggalak air, gas cecair petroleum dan lain-lain lagi telah mengubah dasar dan strategi jabatan ini. Jika dahulunya kakitangan seperti Tukang dan Pekerja Mahir di bahagian pennyenggaraan kenderaan, loji dan jentera lebih mencorakkan urusan jabatan, keadaan telah berubah dimana kakitangan teknikal yang terdiri dari para Juruteknik, Pembantu Teknik serta Jurutera mula mengubah halatuju jabatan ke arah pengurusan projek dengan aktiviti pengawasan dan pemantauan infrastruktur pembangunan memainkan peranan menjadi antara nadi utama fungsi jabatan sehingga kini.

Ketika ini, penyenggaraan bangunan kerajaan dan pemeriksaan kenderaan kerajaan juga mula menjadi perkara penting. Pengeluaran arahan pekeliling supaya bangunan dan kenderaan kerajaan perlu dipastikan sentiasa terjaga dan berfungsi dengan baik telah menjadikan skop senggaraan mula diletakkan sebagai perkara utama yang perlu dititikberatkan dan beruapaya menjadi salah satu teras kerja utama bersama-sama Pengurusan Projek dan Pengurusan Woksyop yang telah sedia ada.

Sejak 1920 hingga 1965, Ketua Jabatan pejabat adalah di kalangan pegawai British. Pada 1965, ia diambil alih oleh rakyat Malaysia iaitu En. Yeo See Wang manakala En. Taufek Bin Abdul Hamid merupakan anak melayu pertama yang memegang jawatan ini ( 1967-1975 ). Ketua Jabatan yang paling lama berkhidmat ialah Ir. Govindasamy Babu ( 1986 – 2003 ) iaitu selama 17 tahun. Pada 1 Januari 2014, pejabat asal di Jalan Kebun Teh telah berpindah ke kawasan Nusantara, Gelang Patah dimana ketua jabatan yang terakhir di Jalan Kebun Teh dan juga yang pertama di bangunan pejabat baru ialah Ir. Malek Bin Hisham ( 2009-2014 ).